導演：錦織博 櫻美勝志 鈴木健太郎 橋本敏一 筱原正寬 小林孝志 森義博 小野田雄亮 泉明宏 佐藤和磨 三好正人 野上良之 粟井重紀
主演：阿部敦 井口裕香 岡本信彥 日野聰 佐藤利奈 勝杏里 岸尾大輔 櫻井浩美 洲崎綾 佐佐木望 日高里菜 加隈亞衣 谷山紀章 伊藤靜 新井里美 豐崎愛生 能登麻美子 川原慶久 福圓美里 藤村步 古山貴實子 原由實 甲斐田裕子 冬馬由美 仲野裕 土井美加 小清水亞美 松風雅也 赤崎千夏 內田真禮 井澤詩織 木內太郎
位于東京西部的巨大“學園都市”。在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0” 位于東京西部的巨大“學園都市”。在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。
高中生上條當麻，也是住在學園都市的學生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。
而上條的學生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關聯的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關系也逐步擴展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。
如同呼應魔法方一般，科學方的學園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現。那些通過與上條有所關聯，而使命運大為改變的“英雄”們。
他們挺身而出與世界對峙。如同上條當麻做過的那樣。
科學與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進！！
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